عملية التعقيم أولى الخطوات التي يبدأ بها المحافظة على الوثائق والمخطوطات والمصادر التاريخية الأخرى وتتلخص عملية التعقيم في القضاء على الآفات الحشرية والفطريات الموجودة داخل الوثائق وأوراق المخطوطات وأغلفتها الجلدية، والتي يسبب بقاؤها وعدم مكافحتها مع مرور الوقت الإتلاف الكامل لها، وانتقال تلك الإصابات إلى مخطوطات ووثائق أخرى سليمة مجاورة، وقسم التعقيم مزود بأحدث الأجهزة اللازمة لإجراء عملية التعقيم وتتمثل في وجود جهازين للتعقيم بغاز الأوزون وبالأقراص الكيميائية. ويمتلك قسم التعقيم وحدتين متنقلتين مزودتين بجهاز للتعقيم يسهل تنقلهما من منطقة لأخرى داخل المملكة لتعقيم المواد التي يصعب إيصالها إلى المركز، ويقوم بهذا العمل فنيون متخصصون في مجال التعقيم